كان النائب العام المستشار هشام بركات، في أبريل 2014، قد أحال المتهمين للجنايات "لاتهامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يرتبط بتنظيم القاعدة، يستهدف منشآت الدولة وقواتها المسلحة وجهاز الشرطة والمواطنين الأقباط، بأعمال إرهابية بغية نشر الفوضى وتعريض أمن المجتمع للخطر".

وتضمن قرار الاتهام الصادر في القضية استمرار حبس 50 متهما بصورة احتياطية على ذمة القضية، والأمر بضبط وإحضار 18 متهما هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية.

وجاء في بيان الإحالة أن الظواهري "استغل التغيرات التي طرأت على المشهد السياسي في البلاد وعاود نشاطه في قيادة تنظيم الجهاد وأعاد هيكلته وربطه بالتنظيمات الإرهابية داخل البلاد وخارجها إبان فترة حكم الرئيس الأسبق محمد مرسي".

وألقي القبض على الظواهري في منتصف أغسطس 2013، بعد أيام من فض قوات الأمن اعتصامي أنصار الرئيس الإسلامي الأسبق محمد مرسي في ميداني رابعة والنهضة.